TÜBİTAK MAM bünyesinde bulunan ve 1992’den beri faaliyet gösteren Enerji Sistemleri Bölümü, Şubat 1996'da Çevre Mühendisliği Bölümü ile birleşerek Enerji Sistemleri ve Çevre Araştırma Enstitüsü (ESÇAE)'nü oluşturmuştur. Bu tarihten itibaren 6 yıl boyunca enerji ve çevre alanlarında aynı enstitü çatısı altında çalışmalar yürüten bu iki birim, önemli projelere imza atmış, deneyim, bilgi birikimi, ölçme ve değerlendirme alt yapısını uluslar arası ölçekte geliştirmiştir.
3 Ekim 2004 tarihinde yapılan TÜBİTAK Bilim Kurulu'nda alınan karar gereği, "Enerji Enstitüsü" kurularak, ESÇAE-Enerji Teknolojileri Stratejik İş Birimi bu enstitü çatısı altına alınmıştır.
20.01.2022 TÜBİTAK Yönetim Kurulunun kararı ile " Enerji Teknolojileri Başkan Yardımcılığı " olarak Gebze’de ve Ankara’da olmak üzere iki ekiple birlikte Ar-Ge faaliyetlerini sürdürmektedir.
Enerji Teknolojileri Başkan Yardımcılığı misyonu, enerji teknolojileri alanındaki uygulamalı Ar-Ge çalışmaları ile tanınan öncü ve yetkin bir araştırma merkezi olmaktır. Vizyonu; enerji teknolojileri alanında Türkiye'nin sürdürülebilir kalkınma hedefleri doğrultusunda, çağdaş bilgi ve teknolojik yöntemlerle araştırma ve geliştirme yapmaktır.
Enerji Teknolojileri Başkan Yardımcılığı amacı, Türkiye’nin kalkınma hedefleri doğrultusunda ve 2023 hedefleri ile paralel olarak enerji teknolojilerinin yerli olarak geliştirilmesine öncülük etmek ve bu hedeflere yönelik projeler geliştirmektir.
Enerji Teknolojileri Başkan Yardımcılığı, çalışmalarında Marmara Araştırma Merkezi ve TÜBİTAK'ın diğer organları ile, yurt içinde ve yurt dışında enerji konularında araştırma ve uygulamalar yapan kuruluşlarla iş birliği yapar, bu konulardaki altyapı olanaklarını ve proje yapabilme potansiyelini sürekli olarak geliştirir.